三个评估工具(依赖 / 表达 / 拷贝数)产出的图表与数据都可以直接用于组会汇报与项目报告。本篇给出导出方法与一份推荐的报告结构。

一、图表怎么导出

  • 直方图、环形图、组织柱状图:页面内是矢量 SVG,浏览器右键"另存为图片"或直接截图;矢量图打印不失真,建议优先。
  • 逐细胞表:全选复制粘贴到 Excel,即得"细胞系 / 组织 / 数值"三列原始数据;表格列头有数值含义说明。
  • 评估接口:数据来自 JSON 接口(如 /GeneRisk/Assessment?gene=XXX),需要批量取数做分析时可直接程序化调用。

二、推荐的报告结构

  1. 背景与问题:目标基因的生物学功能、与研究疾病的关联;
  2. 依赖性全景:GeneRisk 概览截图 + 高依赖组织结论;
  3. 表达与拷贝数佐证:GeneExpr / GeneCn 同一基因截图,说明"依赖不是噪声";
  4. 候选验证细胞系清单:从逐细胞表筛出的 top 系(附概率/TPM/拷贝数三列);
  5. 验证方案:sgRNA 设计与回复实验计划;
  6. 数据版本声明:注明所用 DepMap 发布版本与查询日期。

三、图表美化小技巧

  • 三件套配色已统一(红=致死/高、蓝=中、橙=低),报告里直接沿用可减少读者学习成本;
  • 组织柱状图条目多时,建议报告中只保留 top 10 组织并注明"其余略";
  • 同一基因跨工具对比时,把三个工具的"逐细胞表"用 Excel VLOOKUP 按 Cell Line 名合并成一张主表,一图胜三图。
引用格式建议:DepMap Consortium (版本号), depmap.org, 查询日期;工具页面 URL。