「基因风险评估」(/GeneRisk)基于 DepMap 全基因组 CRISPR 筛选数据,回答一个核心问题:敲掉这个基因,癌细胞会不会死?本指南带你在 5 分钟内完成一次完整评估。
一、输入基因
在搜索框输入基因符号(如 TP53)、Entrez ID(如 7157)或复合形式 GJB6(10804)。输入时下拉列表会按"高依赖占比"推荐候选基因,直接选择即可避免拼写歧义。
二、读懂概览指标
评估结果的核心是依赖概率大于 0.5 的细胞系占比:
- > 0.5 占比高(如 > 30%):该基因在广谱细胞系中被依赖,通常是必须基因或高价值治疗靶点;
- 占比低但集中在某类组织:典型的"组织选择性依赖",是精准治疗最理想的模式;
- 直方图双峰:一部分细胞系强依赖、一部分不依赖,提示依赖状态与背景基因型相关(如伴发突变、表达缺失)。
三、按组织筛选与逐细胞查看
顶部组织下拉框可以只看某一类组织(如血液、肺)的细胞系分布;逐细胞表格按依赖概率从高到低排列,鼠标悬停进度条可查看精确数值。建议把概率 > 0.8 的细胞系列为优先验证对象。
四、登记自建 KO 验证
如果实验室已经做过该基因的敲除验证,可以在「KO 记录库」中登记(管理员权限),后续评估结果会一并展示,方便团队内部比对 DepMap 公共数据与自产数据的一致性。
提示:依赖概率只是计算模型输出,务必结合表达量(/GeneExpr)与拷贝数(/GeneCn)交叉验证,见《如何选择合适的细胞模型进行验证》。